第十一條 保稅工廠應以廠為單位，分別設立原料及成品帳冊，詳細記錄原料進
出倉數量、成品進出倉數量、倉庫結存數量。如海關認為必要者，並應設立半成品及在製品之動態紀錄，以供監管海關隨時查核。
前項之帳冊、保稅工廠廠外加工紀錄卡及出廠放行單，以電腦處理者，應將有關資料依第十八條規定之期限輸入建檔，以備海關隨時查核，並按月印製替代原料帳及成品帳、廠外加工紀錄卡及出廠放行單使用明細之表報，次月二十日前印妥備查。
前項之替代原料帳及成品帳，得經監管海關核准以電子媒體儲存備查。
第一項帳冊、保稅工廠廠外加工紀錄卡、出廠放行單，以人工登帳方式處理者，使用前均應報請海關驗印。
保稅工廠進口或國內採購供加工外銷用之非保稅原料，如係可與其他保稅原料相互替代流用者，應一併登列於原料帳，納入管理範圍。
第十六條 保稅工廠產製之保稅成品，應按日填具「成品存倉單」，登帳存入成品倉庫；出倉時應填具「成品出倉單」，載明出倉原因後，出倉登帳。但工廠有其他表報足以代替者，得申報核定以其他表報代替之。
第三十三條 保稅工廠之保稅物品售與或輸往科學工業園區園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或其他保稅工廠再加工出口者，應於出廠時由雙方聯名繕具報單檢附報關必備文件，向海關辦理通關手續。
前項貨品發生退貨或運回時，應由雙方聯名繕具報單，檢附報關必備文件，向海關辦理通關手續。
前二項交易準用第三十一條第一項第二款規定。
第三十三條之一 保稅工廠之保稅物品進儲物流中心、保稅倉庫或進儲之物品發生退貨時，其通關手續依前條第一項及第二項規定辦理。
前項保稅物品進儲物流中心或屬自用之保稅倉庫，除退貨外，得向海關申請先憑發票、裝箱單及相關文件點驗出廠並登帳，於次月十五日前按月彙報。
第三十四條 保稅工廠出口保稅產品應繕具報單，並報明向監管海關備查之保稅產品單位用料清表文號及頁次或申請出口後再造送該清表之報備文號，出口地海關認有必要時，得要求保稅工廠提供已備查之用料清表影本或向監管海關申請報備文號，未經備查者，依照一般貨物出口之規定向出口地海關辦理通關手續。
前項保稅產品出口時，應將出廠放行單一聯隨運輸工具附送至出口地海關，如出口貨物係分裝多車運送，或分次多批運送者，其出廠放行單上應註記所有裝運之車號及每車件數，或各批次之件數，以備海關稽核。
第三十六條 保稅工廠出口之保稅產品因故退貨復運進口者，應繕具報單依照一般復運進口貨物進口之規定辦理通關手續，並於進廠後存入成品倉庫並入帳。
第三十七條 保稅工廠之保稅產品或保稅原料售與稅捐記帳之外銷加工廠再加工外銷者，其通關程序如下：
一、由買賣雙方聯名繕具報單，檢附發票、裝箱單等有關文件，依第四十條第三項規定，向監管海關申報辦理稅捐記帳及放行手續，始准出廠。保稅工廠得於提供擔保後，先行出廠，在次月十五日前檢附有關證明文件，辦理按月彙報手續。
二、依前款規定放行之貨物，得分批出廠，但應於簽放之翌日起一個月內出貨完畢。
前項外銷加工廠之稅捐記帳應依照外銷品沖退原料稅捐辦法有關規定辦理，並以經辦海關簽放報單日期為視同出口及進口日期。
第三十九條 保稅工廠之保稅產品由其他廠商或貿易商報運出口者，應依第三十四條之規定辦理，並於出口報單上載明「本批貨物由xxx保稅工廠供應，除該保稅工廠得申請除帳外，出口廠商不得申請退稅」字樣，於出口後交由保稅工廠除帳。
第四十條 保稅工廠內銷之保稅產品，應由保稅工廠或由買賣雙方聯名繕具報單，報經監管海關依出廠時之形態補徵進口稅捐後，始准放行出廠。
前項內銷之保稅產品，除該產品係屬使用供裝配用已逾百分之五十以上之單一半成品所製成者，應依完稅價格按有關稅率核計關稅外，得由廠商向監管海關申請依下列方式之一課徵關稅。
一、內銷保稅產品應依完稅價格減去百分之三十後，就其餘額按有關稅率核計關稅。
二、內銷保稅產品有使用國產非保稅原料經海關查明屬實者，依完稅價格先扣除該項非保稅原料部分之價值後，就其餘額按有關稅率核計關稅。
保稅工廠內銷之保稅產品，如經再加工外銷，得依外銷品沖退原料稅辦法等有關規定辦理退稅。但屬於取消退稅之貨品項目，仍不得退稅。
保稅工廠進口原料，經監管海關核准改為內銷者，準用第一項及第三項之規定辦理
第四十條之一 保稅工廠得向監管海關申請核准生產非保稅產品。
前項所稱非保稅產品指保稅工廠使用自國外及保稅區並已辦理報關完稅進口之原料或向課稅區採購並取得載明營業稅應稅統一發票之原料所產製之產品。
保稅工廠生產非保稅產品，其管理方式由海關訂定並公告之。
第四十二條 保稅工廠之保稅產品售與或贈與國內廠商及到廠參觀之客戶，其價值未逾免簽證限額者，依下列規定辦理：
一、售與或贈與國內廠商者，依第四十條規定辦理。
二、寄送國外廠商者，依第三十五條規定辦理。
三、交與到廠參觀之國外客戶或由廠方人員或委託快遞專差攜帶出口者，應填具「攜帶保稅工廠產品出口（或復運進口）申請書」，交國外客戶或廠方職員或快遞專差具領出廠，於出廠之翌日起十日內憑出口地海關出口證明銷案。隨身攜帶出口之保稅產品攜帶復進口時，應持憑原「攜帶保稅工廠產品出口
（或復運進口）申請書」，向進口地海關報驗進口，於放行之翌日起一週內進廠存倉並入帳。
保稅工廠攜帶保稅原料出口或復進口時，其價值未逾免簽證限額者，比照前項第三款方式辦理。
政府機關派員出國或接待來訪外賓向保稅工廠購買保稅產品贈送友邦人士者，得憑中央各院所屬一級單位證明及收據提領出廠銷案。
保稅工廠應設置未逾免簽證限額保稅產品出廠登記簿，並報請監管海關驗印，逐筆登記保稅產品出廠之日期、名稱、規格、數量及繳稅金額，以備查核。
第一項第三款或第二項、第三項保稅產品未依規定銷案，亦未運回廠內者，應於銷案期限屆滿之翌日起十日內繕具報單比照本辦法第四十條第三項規定辦理補稅。
第四十三條 保稅工廠不能外銷之保稅次品及在生產過程中所產生之保稅副產品、下腳、廢料等，均應按類別、性質存儲於倉庫或經海關認可之其他場所，並應設置帳卡，隨時記錄存出情形。但半成品形態之廢料，應分別列明使用原料情形，以備查核。
第四十四條 保稅工廠之保稅次品、副產品、下腳、廢料及呆料應依下列規定辦理：
一、有利用價值部分：依海關進口稅則從量或按售價核定完稅價格（次品依第四十條第二項規定核計）課徵稅捐後准予內銷。或由海關予以監毀後依其剩餘價值補稅，提領出廠。但下腳、廢料如其數量多、體積龐大、不易於廠內銷毀報廢，且其產品單位用料清表係採應用數量申報，無須辦理除帳者，得預估三個月數量，事先申請海關核准，先行報關補稅後，分批提領出廠。屆期前無法全部提領出廠者，應申請海關核准延長，延長期限為一個月，並以一次為限。
二、無利用價值部分：由海關斟酌情形派員或會同各有關主管機關監督燬棄。
保稅工廠因故未能復運出口之呆料、未能外銷之保稅產品或次品，得於原料保稅進口或加工完成之翌日起二年內依前項規定辦理後除帳，逾期應即依前項第一款規定課徵稅捐後准予內銷。但遇有特殊情況未及於前開期限內辦理者，得於期限屆滿前向監管海關申請延長，其延長期限最長不得超過一年。
前條之保稅副產品、下腳、廢料等，其未在保稅產品單位用料清表用料量中另列有損耗率，或雖已列有損耗率而未經核准者，得核實沖銷保稅原料帳。
第四十六條 保稅工廠進口之保稅原料或加工品，得經監管海關核准後運出廠外加工，並以加工到半成品且該加工品以仍能辨別其所加工之原料者為限，但保稅工廠所生產之保稅產品已超過工廠產能，而該保稅工廠又已事先具結負責以自己名義將運出廠外加工之保稅產品逕行出口或售與科學工業園區園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或其他保稅工廠再加工出口者，得申請監管海關專案核准其運出廠外加工至成品。
前項廠外加工，應由保稅工廠先繕具出廠加工申請書，註明加工廠商名稱、地址、營利事業登記證及工廠登記證字號（其為自然人者，姓名、地址及身分証統一編號），使用原料及加工品名稱、數量以及加工期限等，並檢附廠外加工品用料清表連同合約向監管海關申請核准後，填具已經海關驗印之廠外加工紀錄卡辦理出廠，亦得在核准之種類、數量及加工期限內，逐批填具廠外加工紀錄卡，分批出廠。
保稅工廠進口或自科學工業園區園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或其他保稅工廠購買之保稅原料，得經監管海關核准直接運至加工場所，從事廠外加工，但僅限加工至半成品並運回保稅工廠。
廠外加工由加工廠所添加之原料，不得申請退稅。但加工廠為保稅工廠者得申請除帳。
運出廠外加工之原料或加工品，如發生損耗與運出數量不符時，應由海關查明原因，依照本辦法及其他有關法令規定處理。其加工過程較為複雜者，廠商應事先提供資料，以供查核。
廠外加工之期限，以經監管海關核准廠外加工之翌日起六個月為限，但其有特殊情形者，得於期限屆滿前，申請海關核准延長，延長期限不得超過三個月，並以一次為限。
第四十七條 保稅工廠保稅產品出廠測試、檢驗或核樣，應填具申請書經監管海關核准後提領出廠。
前項保稅產品出廠，監管海關得視產品數量及性質核定作業期間，其需展期者，應於屆滿前，以書面說明原因，向海關申請，但合計期間不得超過六個月。
第一項保稅產品進出廠時，應登載於經海關驗印之保稅工廠送外測試檢驗核樣保稅產品進出廠登記簿。不依第二項規定期限運回工廠者，應於期限屆滿之翌日起十日內繕具報單補稅。
保稅工廠進口或自科學工業園區園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或其他保稅工廠購買之保稅原料，得經監管海關核准直接運至檢驗測試廠所從事廠外檢測。
保稅工廠得申請監管海關核准事先具結負責以自己名義將運出廠外檢測之保稅產品逕行出口或售與科學工業園區園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或其他保稅工廠再加工出口。
保稅工廠保稅原料出廠檢驗、測試，準用第一項、第二項規定辦理，並登載於經海關驗印之保稅工廠送外檢驗測試保稅原料進出廠登記簿。
第四十八條 保稅工廠復運進口之保稅外銷品得經監管海關核准運出廠外維護、修理，並準用第四十六條規定辦理。未依規定辦理者，除事先經核准並以逕行復運出口者外，應於期限屆滿之翌日起十日內繕具報單補稅。
第五十條 保稅工廠保稅產品出廠展列，應填具展覽品進出廠申請書，並檢附有關文件（如展覽單位之邀請函等），報請監管海關核准後提領出廠。
保稅產品出廠展列時間不得超過六個月，其需展期者，應以書面說明原因向海關申請，但合計期間以不超過一年為限。
展列之保稅產品應於明顯處加貼「本產品僅供陳列之用」之籤條。
展列之保稅產品進、出廠時，應登載於展列保稅產品進、出廠登記簿。保稅產品出廠展列不依第二項規定期限運回工廠者，應於期限屆滿之翌日起十日內繕具報單補稅。
第五十四條 保稅工廠有下列各款情事之一者，海關依關稅法第八十九條規定得予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰、並得連續處罰；連續處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下原料保稅進口。
一、物品出廠時未依第十七條規定填具出廠放行單。
二、出口保稅物品，於出廠後未依第三十四條規定運抵出口地海關或數量短少。
三、進口保稅物品於進口地提領出倉後未依第二十八條規定運抵保稅工廠。
四、保稅物品無故短少，其短少數量逾帳載結存數量百分之三。
五、依第四十一條規定辦理按月彙報補稅或記帳之案件，其累計應納稅費或應辦記帳稅費超過所提供之擔保。
