第二條　　適用本辦法獎勵之投資計畫，其生產之產品範圍如下：

一、應用無菌播種、組織或細胞培養、體細胞融合、遺傳工程等生物技術，培育、繁殖生產之植物種苗。

二、應用遺傳工程技術，選育、繁殖生產之種畜禽或畜禽種原。

三、應用遺傳工程技術，選育、繁殖生產之水產種原或種苗。

四、應用無特定病原技術，繁殖生產之動物。

五、應用純菌種液態培養或體細胞融合技術，培育、繁殖生產之食藥用菇菌類。

六、作物病蟲害防治用之天敵或昆蟲誘引劑。

七、應用室內高密度循環水養殖設施生產之水產生物。

八、其他經行政院指定之產品。

前項投資計畫，應符合下列要件之一：

一、投資計畫之實收資本額或增加實收資本額為新臺幣五千萬元以上，其中屬全新機器、設備及裝置該機器、設備之新建主體建物購置金額合計新臺幣三千萬元以上。

二、投資計畫之實收資本額或增加實收資本額為新臺幣一千五百萬元以上，且公司於投資計畫完成年度及其前、後一年度之三年期間內，研究與發展支出達新臺幣一千五百萬元。

三、符合中小企業認定標準第二條第一項第二款規定之公司，於投資計畫完成年度及其前、後一年度之三年期間內，新投資創立者，於該期間內之研究與發展支出占投資計畫實收資本額之比率，應達百分之二十；增資擴充者，於該期間內之研究與發展支出占投資計畫增加實收資本額之比率，應達百分之二十。

投資計畫應於符合新興重要策略性產業核准函核發之次日起三年內完成。

第一項第八款所列其他經行政院指定之產品，由行政院農業委員會（以下簡稱農委會）報請行政院召集相關產業界、政府機關、學術界及研究機構代表定之。

第二項第一款所稱裝置該機器、設備之新建主體建物，指生物技術研究室、作業室、培養室、溫室、畜禽舍、無特定病原動物舍、水產種原或種苗生產房舍。

第三條　　前條第二項規定實收資本額或增加實收資本額，得於核定之投資計畫期間內分次增資，分次收足。機器、設備及裝置該機器、設備之新建主體建物，得於核定之投資計畫期間內分次購置，且公司屬新投資創立者，應於發起人會議訂立章程後購置，增資擴充者，應於股東會或董事會議決該次增資之會議後購置。

前條第二項第二款及第三款所稱研究與發展支出，指稅捐稽徵機關依公司研究與發展及人才培訓支出適用投資抵減辦法規定核定之研究與發展支出，及於前條所定三年期間內捐贈行政院國家科學技術發展基金之金額。

前項研究與發展支出，於稅捐稽徵機關尚未核定時，以申報數為準。

前條第二項第二款及第三款所稱三年期間，其投資計畫完成年度之前一年度未滿一年者，自投資計畫完成年度起算三年。但申請核發核准函年度與投資計畫完成年度為同一年度者，自投資計畫完成年度之次年度起算三年。

第四條　　公司申請適用新興重要策略性產業之獎勵，新投資創立者或增資擴充者，應自公司設立登記表或公司變更登記表核發之次日起六個月內或本辦法發布之日起六個月內，且於中華民國九十八年十二月三十一日前檢具下列文件，向農委會申請核發符合新興重要策略性產業核准函：

一、公司設立登記表影本；其屬增資擴充者，為公司變更登記表影本。

二、投資計畫生產之產品屬第二條第一項第一款者，檢附種苗業登記證影本。

三、投資計畫生產之產品屬第二條第一項第二款者，檢附畜禽新品種登記審定書及畜牧場設立許可文件或畜牧場登記證書影本；飼養規模未達應辦畜牧場登記者，免附。

四、投資計畫生產之產品屬第二條第一項第四款者，檢附畜牧場設立許可文件或畜牧場登記證書影本；飼養動物種類非屬畜牧法明定之畜禽或畜禽飼養規模未達應辦畜牧場登記者，免附。

五、投資計畫書七份。

前項公司變更登記表，於分次增資時，以第一次公司變更登記表為準。

第一項第五款所定投資計畫書，屬適用第二條第二項第二款及第三款規定者，需載明公司於投資計畫完成年度及其前、後一年度之三年期間內之研究與發展經費。

農委會於核發第一項核准函時，應副知財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。

第五條　　公司於前條規定之申請核發期間，以二個以上之投資計畫，分別申請核發新興重要策略性產業核准函，且各投資計畫之產品或勞務別，依中華民國行業標準分類屬於同一產業類別中類者，應由農委會一次發給符合新興重要策略性產業核准函。

第六條　　經核發符合新興重要策略性產業核准函之公司，應於核定之期限內完成投資計畫，並於完成後檢具下列文件，向農委會申請核發完成證明：

一、符合新興重要策略性產業核准函影本。

二、購置之全新機器、設備及裝置該機器、設備之新建主體建物清單六份；無購置行為者，免附。

三、購置之全新機器、設備及裝置該機器、設備之新建主體建物配置圖；無購置行為者，免附。

四、設立或資本額變更登記前、後之公司設立、變更登記表影本。

五、新建主體建物使用執照影本；無購置行為者，免附。

六、投資計畫生產之產品屬第二條第一項第一款者，檢附種苗業登記證影本。

七、投資計畫生產之產品屬第二條第一項第二款者，檢附畜牧場登記證書影本；飼養規模未達應辦畜牧場登記者，免附。

八、投資計畫生產之產品屬第二條第一項第三款者，檢附登記為繁殖之養殖漁業登記證影本。

九、投資計畫生產之產品屬第二條第一項第四款者，檢附畜牧場登記證書影本；飼養動物種類非屬畜牧法明定之畜禽或畜禽飼養規模未達應辦畜牧場登記者，免附。

十、投資計畫生產之產品屬第二條第一項第七款者，檢附養殖漁業登記證影本。

十一、購置機器、設備及裝置該機器、設備之新建主體建物之統一發票影本、海關進口相關證明文件影本或會計師查核證明文件；無購置行為者，免附。

十二、募集現金資本之相關證明文件；全數以未分配盈餘轉增資者，免附。

十三、議決該投資計畫第一次增資之股東會或董事會會議紀錄影本；屬新投資創立者，為發起人會議紀錄影本；無購置行為者，免附。

前項機器、設備安裝地點位於實施都市計畫地區者，應符合都市計畫法及都市土地使用分區管制之規定；於非都市計畫地區者，應符合區域計畫法及非都市土地使用管制之規定。

公司申請核發完成證明時，應於完成證明申請書中自行填入完成日期、機器、設備購置金額，及勾選適用第二條第二項規定，經核定後，不得變更。

公司適用第二條第二項第一款規定，並選擇適用免徵營利事業所得稅者，其專供研究發展使用之機器、設備支出，不得計入前項機器、設備購置金額。

農委會於核發第一項之完成證明時，應副知財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。

公司各次增資擴展投資計畫，其產品或勞務別依中華民國行業標準分類屬同一產業類別中類，且完成日期與前一投資計畫完成日期相距不滿一年者，其後續完成之各投資計畫適用第二條第二項各款所定之要件，應與首先完成之投資計畫所選擇之適用要件一致；其所擇定適用本條例第八條或第九條規定之獎勵方式，亦同。

第七條　　經核發符合新興重要策略性產業核准函之公司，未能於農委會核發符合新興重要策略性產業核准函之次日起三年內完成投資計畫，或投資計畫產品項目變更者，應於期限屆滿前，向農委會申請延長或變更。但全程計畫完成期限，不得超過四年。

農委會於核定計畫延長或產品變更時，應副知財政部賦稅署及公司所在地之稅捐稽徵機關。

公司經核發符合新興重要策略性產業核准函後，於原投資計畫尚未完成前，另新增產品或勞務投資計畫，且其產品或勞務別與原計畫之產品或勞務，依中華民國行業標準分類屬同一產業類別中類者，應向農委會申請變更原核准之投資計畫。但新增之投資計畫無法與原計畫同時限完成，且其增資擴展與原投資計畫非屬同一課稅年度之擴充或同一年度之未分配盈餘轉增資，或經農委會會同財政部專案認定原因特殊者，不在此限。

公司依前項規定於原投資計畫中申請變更或新增之產品或勞務項目，應符合變更申請時第二條第一項規定之獎勵範圍。

第八條　　經核發符合新興重要策略性產業核准函之公司，於申請完成證明期間內，經受理核發完成證明機關實地勘查，投資計畫已屬完成，於完成證明尚未核發前，遭受地震、風災、水災、旱災、蟲災、火災、戰禍或其他不可抗力災害者，受理核發完成證明機關仍得依據原完成狀態，核發其完成證明。

第九條　　公司經核定適用第二條第二項第二款或第三款規定，並經取得完成證明，經管轄稅捐稽徵機關查核，未達該款所定研究與發展支出金額或比率之二分之一，其選擇適用五年免稅者，應追繳所免徵之營利事業所得稅額，其適用股東投資抵減者，應追繳該公司各股東實際適用投資抵減之稅額。

公司經核定適用第二條第二項第二款或第三款規定，並經取得完成證明，經管轄稅捐稽徵機關查核，未達該款所定研究與發展支出金額或比率，但已達二分之一，其選擇適用五年免稅者，應按不足之比率，追繳公司所免徵之營利事業所得稅額，其適用股東投資抵減者，應就各股東實際適用投資抵減之稅額，與按實際研究與發展支出之比率計算之可抵減稅額之差額追繳之。

公司經核定適用第二條第二項第二款或第三款規定，並經取得完成證明，於取得完成證明後，依本條例第十條第二項規定，將其受免稅獎勵能獨立運作之全套生產或應用軟體，轉讓其他事業，繼續生產原受獎勵產品或提供受獎勵勞務，其轉讓係在第二條規定之三年期間內者，該轉讓事業於該三年期間內之研究與發展支出，依第十二條第二項規定換算；未達該款所定研究與發展支出金額或比率者，應分別依前二項規定，追繳所免徵之營利事業所得稅額或股東投資抵減稅額。

前三項補繳之稅額，應自各該年度所得稅結算申報期間屆滿之次日起至繳納日止，依中華郵政股份有限公司一年期定期儲金固定利率，按日加計利息，一併徵收。

第十條　　第二條第一項之適用要件有刪除或修正時，公司仍得自刪除或修正生效之日，或本辦法中華民國九十八年五月五日修正發布之日起六個月內，向農委會申請適用本辦法。

第十一條　公司依第二條第二項第一款規定取得完成證明，且依本條例第十條第二項規定，將其部分受免稅獎勵能獨立運作之全套生產設備或應用軟體，轉讓其他事業，繼續生產該受獎勵產品者，受讓事業所受讓之生產設備或應用軟體，依轉讓事業取得該設備之原始成本計算；未達該款所定投資金額者，不得繼續享受轉讓事業未屆滿之免稅獎勵。

前項轉讓事業於轉讓後剩餘之生產設備或應用軟體，依原始取得成本計算；未達第二條第二項第一款規定之投資金額者，應終止其未屆滿之免稅獎勵。

第十二條　公司經核定適用依第二條第二項第二款或第三款規定取得完成證明，且依本條例第十條第二項規定，將其部分受免稅獎勵能獨立運作之全套生產設備或應用軟體，轉讓其他事業，繼續生產該受獎勵產品者，其轉讓係在第二條第二項第二款或第三款規定之三年期間內者，受讓事業於受讓後至該期間屆滿止，其研究與發展支出，按受讓設備或應用軟體之金額比率及持有期間之比率換算；未達該款所定研究與發展支出金額或比率者，不得繼續享受轉讓事業未屆滿之免稅獎勵。

前項轉讓事業或受讓事業非屬第二條第二項第三款規定之公司者，其研究與發展支出依前項規定核算後，仍應符合第二條第二項第二款之規定；未達該款所定研究與發展支出金額或比率者，不得繼續享受轉讓事業未屆滿之免稅獎勵。

轉讓事業於第二條第二項第二款或第三款規定之三年期間內，其屬轉讓前之研究與發展支出，加計轉讓後之研究與發展支出按未轉讓設備或應用軟體金額比率核算之金額或比率；未達該款所定研究與發展支出金額或比率者，應終止其未屆滿之免稅獎勵。

第十三條　選擇適用本條例第八條股東投資抵減規定之公司，其依核准之投資計畫所募集資金，應以於投資計畫期間支應該投資計畫所需者為限。

前項所稱支應該投資計畫所需者，指與該投資計畫有關之下列支出：

一、公司營業場所之投資、興建及營運支出。

二、購置全新與自行開發之機器、設備及技術之支出。

三、研究與發展支出。

四、其他與投資計畫相關之支出。

第一項所募集之資金於投資計畫期間，未全數支應該投資計畫所需者，其可適用股東投資抵減之金額，應按已支應該投資計畫所需之金額占所募集資金之比率計算之。

第十四條　選擇適用本條例第九條免徵營利事業所得稅規定之公司，其免稅所得之計算方法，由財政部定之。