一、公司財務無累積虧損或申請時前三年（成立未滿三年者，以其存續期間為準）平均無虧損者，或雖有累積虧損，其虧損後資本淨額仍在新臺幣五千萬元以上，或已按扣除累積虧損後資本淨額不足新臺幣五千萬元之金額辦理增資或提供其他擔保。

二、公司之欠稅及罰鍰已繳清或已提供相當擔保。

三、廠區適於管理，設有警衛室，並派員駐守。

四、具備製造外銷成品應有之機器設備及完善之安全設施，經海關勘查符合規定。

五、分設之原料及成品倉庫，經海關勘查合格。但有不宜倉儲之笨重或具危險性之保稅物品者，應另設經海關認可之適當儲存處所。

六、廠房設施符合第五條所定標準。

七、具備電腦以處理有關保稅業務帳冊、報表及相關資料。

經依其他法律規定核准在中華民國境內設立之外國分公司，其實際匯入並經登記之營業資金在新臺幣五千萬元以上，設有登記合格之工廠者，得依前項規定向海關申請核准登記為保稅工廠。

海關視實施貨物通關自動化管理作業需要，得依實際情形公告要求保稅工廠設置電腦及相關連線設備以電子資料傳輸方式處理有關保稅業務，其作業規定，由海關訂定之。

第六條　　　　　申請登記為保稅工廠者，應檢具下列文件，向工廠所在地海關辦理：

一、申請書：應載明公司名稱、統一編號、公司地址、資本額、負責人姓名、身分證統一編號、電話號碼及工廠地址。

二、工廠登記證及特許營業證之影本各一份；非特許事業者，免送特許營業證。

三、公司章程及董監事名冊一份。

四、產品清表一份。

五、工廠、倉庫、笨重原料等儲存處所及生產機器配置平面圖各一份。

六、保稅工廠印鑑登記卡。

七、產品生產程序說明書及其各步驟使用原料名稱、數量暨工廠原物料管理制度有關資料各一份。

八、最近三年（成立一年以上未滿三年者，以其存續期為準）經稅捐稽徵機關核定之營利事業所得稅結算申報核定通知書或經會計師簽證之營利事業所得稅結算申報書之影本一份。成立未滿一年者，應檢送經會計師簽證之財務報表一份。

九、保稅工廠之廠房使用執照、建物所有權狀及土地所有權狀之影本各一份；如係租賃者，應另檢附租賃契約影本一份及廠房所有權人承諾書，載明同意該保稅工廠經廢止其登記時，其保稅物品可無條件繼續存放在廠房倉庫至少六個月，以供監管海關處理保稅物品。

前項第二款應繳交之工廠登記證影本，如係新設工廠，尚未領到工廠登記證時，得檢送主管機關准許設廠文件，先行辦理勘查，俟領到工廠登記證並經監管海關審查符合者，始准予洽期接管。

申請廠商設有二個以上之工廠者，得分別就其中一個或二個以上之工廠申請設立保稅工廠。但各工廠間有相互提撥原料、半成品、成品之關係或產製外銷成品具有連貫性之製造程序者，不得僅就其中部分程序工廠申請登記為保稅工廠。

第九條　　　　　經核准登記之保稅工廠，由海關發給執照，並應每二年檢具第六條第一項第二款、第六款及第九款規定之文件辦理校正一次。

第十三條　　　　保稅工廠有關保稅之帳冊及編製之報表，應於年度盤點結案後保存五年；其有關之憑證，應保存三年。

前項有關之憑證，保稅工廠於盤存結案後，除報經監管海關核准，以微縮影片、磁帶、磁碟片或其他電子媒體等按序攝錄，並依規定年限保存者外，原始憑證不得銷毀。監管海關依法進行查案時，如需複印憑證及有關文件，保稅工廠應負責提供所需複印之憑證及有關文件。

海關因稽核或監管需要，除得查閱保稅工廠保稅帳冊、報表外，並得派員持憑公文查閱其他帳冊、報表及其他憑證，保稅工廠不得拒絕。

第十七條　　　　保稅工廠之保稅物品，除直接出口或售與保稅區者外，應依規定申請海關核准或向海關報備，始得出廠。

保稅工廠之物品出廠時，均應由保稅工廠依規定填具出廠放行單，由駐守警衛憑放行單放行。

前項出廠放行單應編列序號，按序使用，並保留其存根聯，以備查核。

第十九條　　　　保稅工廠因廠內倉庫不敷存儲，必須租用廠外倉庫時，應符合第五條第二款及第六條第一項第九款之規定，並報請監管海關核准後，方可使用。

第二十一條　　　保稅工廠依前條規定辦理盤存之保稅物品，如實際盤存數量與當年度帳面結存數量不符時，按下列規定辦理：

一、實際盤存數量少於帳面結存數量，如未逾盤差容許率者，准免補繳稅捐；逾盤差容許率者應於接獲海關核發之補稅通知之翌日起十日內繕具報單補繳進口稅捐。

二、實際盤存數量多於帳面結存數量，其數量大於盤差容許率者，應敘明理由報請監管海關查明原因，倘係產品單位用料量偏高者，應修訂產品單位用料清表，供次年度結算時使用。

同一種類或可相互替代流用之原料，如部分為保稅部分為非保稅，年度結算時應一併列入盤點，並按實際使用數量沖銷保稅及非保稅原料帳。未能查明其實際使用數量者，應優先沖銷保稅原料數量。非保稅原料發生盤差者，免予補稅。

保稅工廠盤差容許率，由海關分業分類公告並刊登行政院公報。

保稅工廠之保稅物品如有發生短少之情事，應於事實發生之翌日起十五日內，向海關申報並補稅。

第二十三條　　　保稅工廠受託辦理加工業務，應經監管海關核准及受海關監管。

第二十四條　　　保稅工廠辦理相關產品之檢驗、測試、修理、維護業務，應經監管海關核准及受海關監管。

第二十五條　　　監管海關得派員前往保稅工廠稽核或辦理下列事項：

一、查核保稅工廠生產情形、原料倉庫及成品倉庫之存量，及保稅工廠之帳冊與表報。

二、稽核保稅工廠產品單位用料清表、非保稅產品使用原料項目清表及審核盤存各項報表。

三、會同保稅工廠盤查保稅物品。

四、監督銷毀保稅工廠之副產品及經專案核准銷毀之次品或呆料。

五、輔導新成立或經營管理欠佳，須加強監管之保稅工廠。

六、稽核其他有關監督保稅工廠之業務。

第二十七條　　　海關對保稅工廠之管理得採分級制度。

第二十七條之一　保稅工廠生產非保稅產品，應經監管海關核准及受海關監管。

前項所稱非保稅產品，指保稅工廠使用自國外進口或自保稅區輸入，並已辦理報關完稅之原料，或向課稅區採購之原料所產製之產品。

第三十條　　　　保稅工廠進口原料因退貨、調換或其他原因復運出口者，應繕具報單依照一般復運出口貨物出口之規定辦理通關手續。

第四十條之一　　（刪除）

第四十二條　　　保稅工廠之保稅產品售與或贈與國內廠商或到廠參觀之客戶，其價值未逾免簽證限額者，依下列規定辦理：

一、售與或贈與國內廠商者，依第四十條規定辦理。

二、寄送國外廠商者，依第三十五條規定辦理。

三、交與到廠參觀之國外客戶，或由廠方人員或受其委託之快遞專差攜帶出口者，應填具「攜帶保稅工廠產品出口（或復運進口）申請書」，交國外客戶、廠方人員或快遞專差具領出廠，並於出廠之翌日起十日內，憑出口地海關出口證明銷案。隨身攜帶出口之保稅產品攜帶復進口時，應持憑原「攜帶保稅工廠產品出口（或復運進口）申請書」，向進口地海關報驗進口，並於放行之翌日起一週內進廠存倉及入帳。

保稅工廠之國外客戶、廠方人員或受其委託之快遞專差攜帶保稅原料出口或復進口時，其價值未逾免簽證限額者，準用前項第三款規定辦理。

政府機關派員出國或接待來訪外賓向保稅工廠購買保稅產品贈送友邦人士者，得憑中央各院所屬一級單位證明及收據提領出廠銷案。

保稅工廠應設置未逾免簽證限額保稅產品出廠登記簿，並報請監管海關驗印，逐筆登記保稅產品出廠之日期、名稱、規格、數量及繳稅金額，以備查核。

第一項第三款或第二項、第三項保稅產品未依規定銷案，且未運回廠內者，應於銷案期限屆滿之翌日起十日內繕具報單，並準用第四十條第二項規定辦理補稅。

第四十四條　　　保稅工廠保稅之次品、副產品、下腳、廢料及呆料，應依下列規定辦理：

一、有利用價值部分：依海關進口稅則從量或按售價核定完稅價格（次品依第四十條第二項規定核計）課徵稅捐後准予內銷；或由海關予以監毀後，依其殘餘價值補稅，提領出廠。但下腳、廢料因數量多或體積龐大，不易於廠內銷毀報廢，且其產品單位用料清表係採應用數量申報，無須辦理除帳者，得預估三個月數量，事先申請海關核准，先行報關補稅後，分批提領出廠。

二、無利用價值部分：由海關視需要派員或會同各有關主管機關監督毀棄。

前項第一款經海關核准先行報關補稅之下腳、廢料，屆期無法全部提領出廠者，得向監管海關申請延長，其延長期限不得超過一個月，並以一次為限。未申請延長者，應於期限屆滿之翌日起一週內，檢具資料，以書面申請更正出廠數量及退回溢繳之稅款，逾期不予受理。

保稅工廠因故未能復運出口之呆料或未能外銷之保稅產品或次品，得於原料保稅進口或加工完成之翌日起二年內，依第一項規定辦理後除帳，逾期應即依第一項第一款規定課徵稅捐後准予內銷。但遇有特殊情況，未及於前開期限內辦理者，得於期限屆滿前，向監管海關申請延長，其延長期限不得超過一年。

前條之保稅副產品、下腳、廢料等，未在保稅產品單位用料清表用料量中另列有損耗率，或雖已列有損耗率而未經核准者，得核實沖銷保稅原料帳。

第四十六條　　　保稅工廠進口保稅之原料或加工品，得申請監管海關核准後運出廠外加工，並以加工至半成品且該加工品以仍能辨別其所加工之原料者為限。但保稅工廠所生產之保稅產品已超過工廠產能，且其事先已具結負責以自己名義將運出廠外加工之保稅產品逕行出口或售與其他保稅工廠、科學工業園區園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業或自由港區事業再加工出口者，得申請監管海關專案核准其運出廠外加工至成品。

前項廠外加工，應由保稅工廠先繕具出廠加工申請書，載明加工廠商名稱、地址、公司統一編號及工廠登記證字號（其為自然人者，姓名、地址及身分證統一編號）、使用原料及加工品名稱、數量以及加工期限等，並檢附廠外加工品用料清表及合約向監管海關申請核准後，填具已經海關驗印之廠外加工紀錄卡一次辦理出廠，或在所核准之種類、數量及加工期限範圍內，逐批填具廠外加工紀錄卡，分批出廠。

保稅工廠自國外進口或自其他保稅工廠、科學工業園區園區事業、加工出口區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業購買之保稅原料，得申請監管海關核准，直接運至加工場所，進行廠外加工，其加工並以加工至半成品且須運回保稅工廠為限。

廠外加工由加工廠所添加之原料，不得申請退稅。但加工廠為保稅工廠者，得申請除帳。

運出廠外加工保稅之原料或加工品，如發生損耗致與運出數量不符時，應由海關查明原因，依照本辦法及其他有關法令規定處理。其加工過程較為複雜者，保稅工廠或加工廠商應事先提供資料，以供查核。

廠外加工之期限，以經監管海關核准廠外加工之翌日起六個月為限。但有特殊情形者，得於期限屆滿前，申請海關核准延長，其延長期限不得超過三個月，並以一次為限。

第五十一條　　　未依第二十一條、第二十六條、第二十九條、第四十條至第四十二條、第四十四條至第四十八條及第五十條規定期限繕具補稅報單並檢附相關文件辦理通關手續者，除由海關逕予核計，開發稅款繳納證補徵稅款外，海關依關稅法第八十九條規定得予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得連續處罰；連續處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下之按月彙報，並得停止其一個月以下原料保稅進口。

第五十二條　　　保稅工廠有下列各款情事之一者，海關依關稅法第八十九條規定，得予以警告並限期改正或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰；並得連續處罰；連續處罰三次仍未完成改正者，得停止其一個月以下原料保稅進口。

一、未依第四條第一項第三款規定，於廠區設有警衛室，並派員駐守，或物品出廠時未依第十七條規定填具出廠放行單編列序號，或雖經編號，但無故缺號或遺失。

二、廠房設施違反第五條規定，或未依第十四條規定對原料及成品倉庫派員負責看管，或停工時未加鎖。

三、未依第七條第二項規定辦理換照或未依第三項規定辦理印鑑變更登記。

四、未依第十條規定期限將產品單位用料清表送監管海關備查，或違反第三十四條或第四十二條規定擅自放行出廠或出口。

五、保稅原料及成品未依第十四條至第十六條規定入出庫，或未分類別，按序存放或未編號置卡。

六、保稅物品進出廠（倉），未依規定填具有關單證，或未於第十八條規定期限內登載有關帳冊。

七、對於應編製之報表資料等，未依第二十條第四項期限編製報送，或對於監管海關因監管或稽核所需之各種表報資料或通知應辦理或改進之事項，未依限辦理。

八、違反第二十三條規定未經監管海關核准辦理受託加工業務。

九、違反第二十四條規定未經監管海關核准辦理檢驗、測試、修理、維護業務。

十、違反第二十七條之一規定未經監管海關核准辦理生產非保稅產品業務。

第五十九條　　　（刪除）