一、修正營利事業開業或由小規模營利事業改為使用統一發票商號未滿三個年度，其原始憑證因遭受不可抗力災害或有關機關因公調閱以致滅失期間之所得額計算方式，以期公平合理。（修正條文第十一條）

二、配合營業稅法施行細則，修正營利事業與地主合建分成、合建分售土地及房屋或自行以土地及房屋合併銷售，房屋款及土地款未予劃分或房屋款經查明顯較時價為低者，其房屋款及土地款之計算公式。（修正條文第三十二條）

三、配合一百年一月二十六日修正公布所得稅法第四十四條存貨估價方法，將「時價」修正為「淨變現價值」，修正相關存貨估價規定。（修正條文第四十七條、第五十條、第五十一條、五十一條之二、第五十五條）

四、參照第三十八條第二項規定，修正未依規定取具合法憑證之費用損失認列規定。（修正條文第六十七條）

五、參酌跨國公司國際化財務管理實務，明確規範中華民國境內之外國分公司分攤國外總公司或區域總部管理費用之證明文據，俾利徵納雙方遵循。（修正條文第七十條）

六、配合運動產業發展條例及文化創意產業發展法之制定公布，修正捐贈費用認列規定及計算公式。（修正條文第七十九條）

七、配合一百年一月二十六日修正公布營業稅法第十六條及第二十條，修正稅捐費用認列規定。（修正條文第九十條）

八、依呆帳損失發生原因，明確規範應提示之證明文件。（修正條文第九十四條）

九、增訂固定資產如未供營業上使用而閒置應繼續提列折舊不得間斷之規定。（修正條文第九十五條）

十、配合一百年一月二十六日修正公布所得稅法第二十四條第二項，增訂營利事業帳載應付未付之帳款、費用、損失及其他各項債務，逾請求權時效尚未給付者，應於時效消滅年度轉列其他收入；納稅義務人如有特殊原因致實際未逾請求權時效者，得提示相關證明文件，以憑認定。（修正條文第一百零八條之二）

十一、配合九十八年五月二十七日修正公布所得稅法第一百十條第四項規定，增訂獨資、合夥組織之營利事業短漏報所得額裁罰基準之計算公式。（修正條文第一百十二條）