第二條之一　依本辦法規定申請適用研究發展投資抵減之公司，應符合下列資格條件：

一、依公司法設立之公司。

二、當年度無就同一事由連續違反環境保護、勞工、食品安全衛生等相關法令，且經主管機關裁定情節重大之情事。

三、具備研發能力，其從事之研究發展活動，應具有高度之創新。

第三條　　　第二條所定研究發展，限於公司研究發展單位所從事之下列活動態樣：

一、為開發或設計新產品、新服務或新創作之生產程序、服務流程或系統及其原型所從事之研究發展活動。

二、為開發新原料、新材料或零組件所從事之研究發展活動。

前項所定活動態樣，不含為改進現有產品或服務之生產程序、服務流程或系統及現有原料、材料或零組件所從事之研究發展活動。

第四條　　　本辦法所稱研究發展之支出，指公司研究發展單位從事前三條研究發展活動所支出之下列費用：

一、專門從事研究發展工作全職人員之薪資。

二、具完整進、領料紀錄，並能與研究計畫及紀錄或報告相互勾稽，專供研究發展單位研究用之消耗性器材、原料、材料及樣品之費用。

三、專為研究發展購買或使用之專利權、專用技術及著作權之當年度攤折或支付費用。

四、專為用於研究發展所購買之專業性或特殊性資料庫、軟體程式及系統之費用。

前項第三款之專用技術及第四款事項，應由中央目的事業主管機關專案認定。

第一項所稱公司研究發展單位，指專責從事研究發展活動之單位。

公司未設置研究發展單位，但配置於非屬研究發展單位之全職研究發展人員確係專門從事研究發展活動，且投入研究發展活動之各項支出可與非研究發展活動明確區分者，應就本條第一項支出，檢附下列文件，依第十三條第一項規定由公司所在地之稅捐稽徵機關核實認定其研究發展支出及核定其投資抵減稅額：

一、第一項第一款人員工作內容、工作時間紀錄及足資證明為符合專門從事研究發展工作全職人員之文件。

二、第一項第二款至第四款購置目的、內容及足資證明專為研究發展用途之文件。

第八條　　　公司投資於研究發展之支出，申請適用投資抵減，應符合下列規定之一：

一、公司所研究發展之產品、技術或創作應專供公司自行使用。

二、公司研究發展之產品、技術或創作供他人製造、使用者，應取得合理之權利金或其他合理之報酬。但公司負責研究發展、收受訂單及銷售，其研究發展之產品、技術或創作提供其負責代工或生產之國內外或大陸地區關係企業製造或使用，未收取合理之權利金或其他合理之報酬，如能提示足資證明已將合理利潤留於該公司之移轉訂價文件，且經稅捐稽徵機關查明屬實者，不在此限。

第十二條        公司從事研究發展之支出申請適用投資抵減者，應於辦理當年度營利事業所得稅結算申報期間開始前三個月起至申報期間截止日內，檢附與申請適用投資抵減之支出項目有關之下列文件，向中央目的事業主管機關申請認定其當年度研究發展活動是否符合第二條、第二條之一及第三條規定，始得適用投資抵減之獎勵：

一、公司之組織系統圖及研究人員名冊。

二、研究發展單位研究用消耗性器材、原料、材料及樣品之完整進、領料紀錄。

三、購置或使用專利權、專用技術、著作權、資料庫、軟體程式、系統之契約或證明文件。

四、研究計畫、紀錄或報告。

五、其他有關證明文件。

中央目的事業主管機關應於當年度營利事業所得稅結算申報期間截止日後七個月內，將審查結果送交公司所在地稅捐稽徵機關核定投資抵減稅額。但中央目的事業主管機關如有特殊事由，得延長審查期間二個月，並敘明事由事先通知公司所在地稅捐稽徵機關。

公司當年度之研究發展支出，依第七條規定提出專案認定申請者，應與第一項之申請認定併案提出，中央目的事業主管機關應依前項規定期限審查。